Structural Variation in Zebrafish Genome

I have had the opportunity to work on the evolutionary aspects of the extensive copy number variation observed among several zebrafish strains.  I am pleased to inform you that our study was accepted to be published in PNAS as the cover story.

In short, we have demonstrated an unexpected amount of structural variation in the zebrafish genome and explored the consequences of this variation on role of zebrafish as a biomedical model organism. We are also excited about the evolutionary path that led to such genomic variation and provided some initial thoughts on this subject in the manuscript. I am sure that follow-up studies and post-publication peer scrutinization of our findings would be very fruitful. LINK

Açık Bilim’de söyleşi

Açık Bilim isimli son derece şık ve kaliteli bir şekilde yayına başlayan bir çevrim içi bilim dergisi ile söyleşim oldu. Bilginize.

Bu söyleşiye önayak olan Çağrı Yalgın’a teşekkürler bu arada.

Application of Genomics to Anthropological Research (AGAR) workshop

In collaboration with the Texas Biomedical Research Institute, the AAAG Education Committee is holding the Application of Genomics to Anthropological Research (AGAR) workshop in San Antontio, TX from January 9-10, 2012. Registration is limited, and the registration deadline is November 30. Please see this page for details.

Team Evolution’s work helped Siri the Chimp

Our team’s effort to rule out a genetic disorder helped get Siri the Chimp get back to health. Pretty cool that this little guy really beat the odds and survived. BWH press release, Oklahoman.

Extensive genomic and transcriptional diversity identified through massively parallel DNA and RNA sequencing of eighteen Korean individuals

I was involved in a project that investigated the variation among individuals at genomic and transcriptional level. The publication of this work in Nature Genetics, along with the anticipated publication of Vivian Cheung et al.’s  Science paper  regarding extensive RNA editing, add some complexity to the established “Central Dogma” of molecular genetics.  You can reach to abstract here…

There is already some interesting debate around these findings. For a sample, you can read the blog posts in Genomes Unzipped and Nature.

American Association of Anthropological Genetics (AAAG) Education Committee

I recently became the chair of the recently formed Education Committee of the AAAG. I will be working along with Paul Babb, Krishna Veeramah and Andrew Kitchen to organize several educational and training events. Hopefully, these will lead to a thorough discussion of the application of genomics tools to anthropological questions and open our field to new possibilities.

Refinement of primate CNV hotspots identifies candidate genomic regions evolving under positive selection

A study that was looking into genomes of different primate species to understand the evolutionary mechanisms underlying “plastic” regions of the primate genomes was published in Genome Biology.  It is one of the “Editor’s Picks” and a provisional pdf can be acquired here.

Culturally Contextualized Genetic Anthropology

Finally, our paper in which we discuss the interplay between the genetic and cultural dynamics in Central Anatolia was published online in American Anthropologist.

You can find a link to the article here…

Biological Ancestries, Kinship Connections, and projected identities in four Central Anatolian Settlements: Insight from culturally contextualized genetic anthropology

ABSTRACT Previous population genetics studies in Turkey failed to delineate recent historical and social factors that shaped Anatolian cultural and genetic diversity at the local level. To address this shortcoming, we conducted focused ethnohistorical fieldwork and screened biological samples collected from the Yuksekyer region for mitochondrial, Y chromosome, and autosomal markers and then analyzed the data within an ethnohistorical context. Our results revealed that, at the village level, paternal genetic diversity is structured among settlements, whereas maternal genetic diversity is distributed more homogenously, reflecting the strong patrilineal cultural traditions that transcend larger ethnic and religious structures. Local ancestries and origin myths, rather than ethnic or religious affiliations, delineate the social boundaries and projected identities among the villages. Therefore, we conclude that broad, ethnicity-based sampling is inadequate to capture the genetic signatures of recent social and historical dynamics, which have had a profound influence on contemporary genetic and cultural regional diversity.

ÖZET Türkiye’de şimdiye kadar yapılan popülasyon genetiği çalışmaları yerel düzeyde ve yakın zamanda gerçekleşen tarihsel ve sosyal faktörler ekseninde şekillenen Anadolu kültürel ve genetik çeşitliliğini açıklamakta yetersiz kalmıştır. Bu açığı kapatmak için etno-tarihsel saha çalışması gerçekleştirdik ve mitokondriyel, Y-kromozomu ve otomozal genetik işaretleri analiz etmek için biyolojik örnekler topladık. Bu örnekler daha sonra etno-tarihsel bağlamda incelendi. Bulgularımız, babaerkil genetik çeşitliliğin köyleri arasında farklı iken, anaerkil genetik çeşitliliğin daha homojen dağıldığını, ve yerel sosyal faktörlerin etnik ve dini unsurlardan daha önemli olduğunu gösterdi. Spesifik olarak, sosyal yapıların oluşumunda yerel kimliklerin ve köken mitlerinin, ulusal etnik ve dini kimliklerden daha önemli bir rol oynadığı saptandı. Bu bulguların ışığında, geniş, etnisite temelli örneklemeye dayanan genetik çalışmaların, yakın zamanda gerçekleşmiş ve günümüzdeki genetik ve kültürel çeşitliliği büyük ölçüde oluşturan sosyal ve tarihsel dinamikleri anlamlandırmak için yetersiz kalmakta olduğu sonucuna vardık.

Ancient DNA from Anatolia

I was a co-author in an article, which made an initial attempt to look into the genetic structure in ancient Anatolia. If you are interested:

Understanding Early Bronze Age social structure through mortuary remains: A pilot aDNA study from Titriş Höyük, southeastern Turkey

Genetik ve Kamusal Alan

Uzun bir aradan sonra, “Genetik ve Kamusal Alan (Genetic and Public Sphere)” isimli makalemiz Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Dergisi‘nin son yayinlanan sayisinda.  Bilginize…

Genetik bilgi, insan gruplarının tarihini, çeşitliliğini ve kökenini anlamaya büyük katkılar sağlamasının yanı sıra ırksal kategorilerin tartışmaya açılması bağlamında önemli bir araçtır. Ne yazık ki hem dünyada, hem de Türkiye’de genetik çalışmaların etnik veya ırksal grupların ‘genlerini’ veya ‘kökenlerini’ araştırdığı yönünde önemli bir yanlış anlama vardır. Bunun ötesinde, ‘genetik,’ ‘DNA,’ ‘moleküler’ gibi bilimsel terimler, bilimsel bilgi üretimi sürecine hiç bir referans vermeksizin etnik kimlikleri meşrulaştırmak amacıyla kullanılmaktadır.  Bu durum, Türkiye’nin politik olarak çalkantılı ve bilimsel olarak kırılgan kamusal alanında daha da sorunlu hale gelmektedir. Anadolu’daki zengin kültürel ve genetik çeşitliliği anlamak için birçok çalışma yapılmıştır. Bu çalışmalar Anadolu tarihi için çok önemli akademik bilgiler üretmelerine karşın, kamu alanını bilgilendirmede çok eksik kalmıştır. Bu hem genetik bulguların kısıtlı bir bilimsel çevrede sıkışmasına yol açmış, hem de, daha vahimi, etnosentrik grupların genetik bilgiyi çarpıtarak kullanmasına zemin hazırlamıştır.  Özellikle, Türkiye’nin politik ve sosyal bağlamında yerel kimliklerin hâlâ tam olarak kabul edilmediği ve ulusal ideolojinin hâlâ etnosentrik düşüncelerle yakın ilişki içinde olduğu düşünülürse, bilim insanlarının kamusal erişimi daha da önem kazanmaktadır. Bu yüzden Türkiye’de yapılan moleküler antropoloji çalışmalarının, bilim insanları tarafından, hem çalışılan gruplara hem de kamuya açıklanması etik bir zorunluluktur.

Bu yazının tam versiyonuna bu linkten ulaşabilirsiniz.